Solución:
Probablemente se produzca al trabajar en el mismo servidor con Samba 3.5.4.
En el archivo de configuración de backuppc /etc/backuppc/config.pl cambiar la linea:
$Conf{NmbLookupPath} = '/usr/bin/nmblookup'
por linea
$Conf{NmbLookupPath} = '/usr/bin/nmblookup.samba3'
Luego reiniciar el servicio:
sudo /etc/init.d/backuppc start